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Palmier à Boracay Des forêts tropicales très denses couvrent une grande partie des Philippines. La flore du pays comprend plus de 10 000 espèces d'arbres, d'arbustes et de fougères dont on estime que 43% d'entre elles se trouvent exclusivement aux Philippines. Les pins dominent dans les montagnes du Nord de Luçon, les palmiers et différentes espèces de bambou dans les plaines et le long des côtes. La forêt vierge couvre environ 10% du territoire. Sa flore, d'une incroyable diversité, comprend des fougères géantes rares et plus de 900 variétés d'orchidées. La mangrove occupe de vastes zones marécageuses côtières.

De nombreuses cultures comme le riz, le maïs, le coprah, la canne à sucre, les fruits tropicaux et le chanvre et tabac ont été mis à la place des forêt qui dominaient l'archipel. En effet les îles de grande surface étaient couvertes de forêt telles Luzon, Mindoro, Palawan, Mindanao, Samar et Leyte.

Mais, l'exploitation forestière à outrance et la migration des paysans ont entraîné une déforestation, qui a réduit la proportion de forêts couvrant les terres, avec des conséquences néfastes pour la biodiversité, les risques d'érosion du sol, d'envasement, et d'inondation. L'écosystème s'en trouva détruit. Quelques efforts sont entrepris pour replanter des arbres et instaurer des systèmes de protection.

Le narra est l'arbre national du pays et la sampaguita parfumée, que les Philippins portent autour du cou, la fleur emblématique

Chauve-souris à Boracay

À l’exception des rongeurs, l’archipel compte relativement peu d’espèces animales. Les plus importantes sont les buffles domestiqués que les Philippins surnomment "l'ami du paysan", appelés carabao, différentes espèces de cerfs, les porcs sauvages ou domestiqués, les mangoustes ainsi qu’un large éventail d’animaux à bosse. On trouve des espèces particulières comme le tamaraw, un buffle nain sauvage, le tarsier, le primate le plus petit du monde, le tabius, à peine plus grand ou le haribon, l'aigle des Philippines.

Les reptiles sont nombreux et l’île compte quelque 760 espèces d’oiseaux, et notamment toute une variété de perroquets. Les eaux côtières sont extrêmement riches et les huîtres perlières abondent à proximité de l’archipel de Sulu, dans l’extrême Sud.